Công dân Trung Quốc (ngoại trừ Hồng Kông, Ma Cao và Đài Loan) khi đến Nhật Bản, bất kể lưu trú bao lâu đều phải xin visa trước. Nếu công dân Trung Quốc quá cảnh qua Nhật Bản để đến quốc gia khác, trong trường hợp cần lưu trú trong vòng 72 giờ tại sân bay, mà không có visa được cấp bởi lãnh sự quán Nhật Bản trước đó, có khả năng sẽ được cấp phép “hạ cánh tạm thời” tại cửa khẩu (theo Điều 14 của Luật Quản lý Xuất nhập cảnh Nhật Bản, cho phép người nước ngoài đi qua Nhật Bản bằng máy bay hoặc tàu biển để đến các quốc gia hoặc khu vực khác ủy quyền cho người vận chuyển nộp đơn xin hợp lệ cho cục xuất nhập cảnh để xin giấy phép nhập cảnh tạm thời trong vòng 72 giờ). Tuy nhiên, nếu nhân viên kiểm tra nhập cảnh đánh giá rằng bằng chứng về mục đích nhập cảnh của người xin còn không đủ, họ có thể từ chối không cho nhập cảnh. Do đó, nếu cần phải nhập cảnh vào Nhật Bản vì lý do quá cảnh, thông thường sẽ được khuyên nên xin visa quá cảnh trước. Visa quá cảnh chỉ áp dụng cho việc chuyển tiếp, sau khi có visa quá cảnh, tại thời điểm kiểm tra nhập cảnh, sẽ được cấp quyền lưu trú ngắn hạn trong vòng 15 ngày.
Tài liệu cần thiết để xin visa quá cảnh Nhật Bản bao gồm: 1. Hộ chiếu còn hiệu lực trên 6 tháng; 2. Đơn xin visa đã điền đầy đủ; 3. Một ảnh màu nền trắng kích thước 2 inch; 4. Bản sao sổ hộ khẩu của người xin; 5. Vé máy bay liên hành trình đã được xác nhận; 6. Visa nhập cảnh của quốc gia đến.
Cách thức nộp đơn xin visa Nhật Bản về cơ bản không chấp nhận đơn xin cá nhân, vì vậy tất cả các visa đều phải thông qua các tổ chức đại lý được chỉ định bởi lãnh sự quán. Phí xin visa do việc nộp đơn qua đại lý, phí xin visa ngoài phí cấp visa còn phải trả thêm phí dịch vụ của đại lý, chi tiết phí phải xác nhận với đại lý.
